1. 无Ct数值或数值偏大?
原因分析:模板浓度过低或降解;模板纯度质低,蛋白质、盐等杂质会影响PCR扩增和荧光检测;引物扩增效率低;反应循环数不够;qPCR体系污染;存在引物二聚体。
解决方案:适当增加模板量,检查模板是否降解,使用新鲜制备的模板;重新制备高质量的模板或对模板进稀释,降低杂质浓度;重新设计高质量引物;循环数一般设置为40;使用RNase/DNase-free耗材;进行熔解曲线分析,结合浓度琼脂糖凝胶电泳辅助判断是否为二聚体,若是则需重新设计引物。
2. Ct值重复性差?
原因分析:Ct值重复性较差一般是由加样误差;仪器误差导致。
解决方案:建议使用优质耗材与移液器,避免加样挂壁,模板浓度不宜过高;选择适用仪器,定期校准。
3. 熔解曲线多峰?
原因分析:存在引物二聚体;非特异性扩增;基因组污染。
解决方案:进行熔解曲线分析,结合浓度琼脂糖凝胶电泳辅助判断是否为二聚体,若是则需重新设计引物;设置引物特异性高的引物,可有效减少非特异性扩增;去除基因组DNA,或跨内含子设计引物。
4. 熔解曲线单峰但峰不尖?
原因分析:存在大小相近的非特异性扩增,起峰、落峰温度跨度较大。
解决方案:重新设计引物。